Die Region erstreckt sich entlang des Adriatischen und des Ionischen Meers. Mit der Punta Palascìa erreicht die Küste bei Otranto den östlichsten Punkt Italiens, der nur noch 80 km von der albanischen Küste entfernt ist.

Das Gebiet besteht zu 53,3 % aus Ebenen, zu 45,3 % aus Hügelland und zu 1,5 % aus Gebirge. Damit ist Apulien die flachste Region Italiens. Die Landschaften teilen sich von Norden nach Süden in die bergige Halbinsel Gargano mit den vorgelagerten Tremiti-Inseln, der ebenen Tavoliere delle Puglie, der anschließenden Ebene Terra di Bari, der Kalkhochebene der Murge, der Küstenebene von Tarent und des Valle d'Itria, das die südlichste Region, die größtenteils ebene Halbinsel Salento abschließt. Das einzige Gebirge, die Monti della Daunia bilden die Grenze zu Kampanien und erreichen im Monte Cornacchia 1152 m Höhe.

Das Klima bietet milde Winter und heiße Sommer.

Apulien besteht aus den Provinzen Foggia, Barletta-Andria-Trani, Tarent, Brindisi, Lecce und der Metropolitanstadt Bari. Die 2004 gegründete Provinz Barletta-Andria-Trani wurde erst mit den Wahlen zur Provinzversammlung am 6. und 7. Juni 2009 geschäftsfähig.

In der Region gibt es die folgenden Städte und größeren Orte. Bari ist mit einer Agglomeration von fast 600.000 Einwohnern die Metropole Apuliens und nach Neapel die zweitgrößte Stadt Süditaliens.